第10期测序与芯片高通量数据挖掘与分析学
要点预览
第10期测序与芯片高通量数据挖掘与分析学习班
上海班：/1/12-13（11号报到）
上海好望角饭店
通过该主题的学习，可以学会：
高通量公共数据的详细信息查找/下载；
在线做差异表达分析
在线blast分析
基因ID转换
通路map图制作
功能富集分析
蛋白互作分析
网络图的构建和美化。
?学习班简介
高通量数据挖掘与分析是基于生信的方法从芯片及测序高通量数据中挖掘到与研究方向最相关的靶标基因（mRNA，miRNA，lncRNA或蛋白）。随着高通量手段的不断进步，测序和芯片的成本也逐渐降低，速度也越来越快，使用高通量手段（测序/芯片）进行科研的优点非常明显，也是大势所趋！
做过测序或者芯片实验的科研人员越来越多，虽然测序公司已经给出了一部分的数据分析，比如过滤、质控比对、定量和差异等，但是这些分析属于基础傻瓜式的标准分析，并不能完整的讲一个故事！我们也很难在大量的差异基因中筛选获得关键基因。因此，需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力，从海量信息中获得自己想要的关键基因！
培训目的与培训预期
培训目的：
很多学员都做过测序或者芯片实验，虽然测序公司已经给出了一部分的数据分析，比如过滤、质控、比对、定量和差异等，但是这些分析属于基础傻瓜式的标准分析，并不能完整的讲一个故事！因此，需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力，从海量信息中获得自己想要的关键基因！
培训预期：通过2天的培训（半天理论课程+1天半实践操作），使学员掌握生信文献分析思路和8个实用操作知识点（具体见最后），可以独立完成一篇基于公共数据库的高通量数据挖掘分析。
培训时间与培训地点
培训时间：/1/12-13（11号报到）
培训地点：上海好望角饭店上海市徐汇区肇嘉浜路号5楼会议室
学习班组织方
主办方：医药加科研培训中心
承办方：上海遐锦生物科技有限公司
讲师简介
宋伟博士
成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。
培训经历：在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有：医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。
培训方向：《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等
课程具体安排
课程安排：
1、理论课程：第一天上午
8.30-10：00第一节：基因数据库使用介绍
测序标准报告的解读。
NCBIGene数据库：最权威的基因综合数据库之一。
NCBIGEO数据库：数据量最大的高通量公共数据库。
GEO2R工具：在线做差异分析的R工具
bioDBnet：在线基因ID转换工具。
Uniprot：最权威的蛋白综合数据库之一。
10.15-12：00第二节：DAVID工具——功能富集分析
功能富集的原理和意义
基因ID转换
基因功能注释（GO，KEGGpathway）
基因功能富集（GO，KEGGpathway）
基因功能聚类（GO，KEGGpathway）
2、实践操作课程（共1天半）
第一天下午
13：30-17:30第三节聚类热图及pathwaymap图
KEGG数据库：最权威的通路数据库（pathwaymap分析）
HEMI软件：构建聚类热图的本地软件
第二天上午
8:30-10:00第四节.STRING工具——基因/蛋白相互作用分析（PPI）
蛋白互作分析的原理和意义；
单个蛋白的蛋白互作分析；
多个蛋白的蛋白互作分析；
STRING工具的使用步骤：输入、参数设置、输出等。
10:15-12:00第五节cytoscape网络做图软件（上）
网络图构建
逐个修改节点的属性和修改边的属性
网络展示方式layout更美观
网络统计分析
13:30-15:30第六节cytoscape网络做图软件（下）
批量修改节点的属性和修改边的属性
Cytoscape的常用插件：ClusterONE
Cytoscape的常用插件：BinGO
15:30-17:00答疑环节
通过该主题的学习，可以学会：
高通量公共数据的详细信息查找/下载；
在线做差异表达分析
在线blast分析
基因ID转换
通路map图制作
功能富集分析
蛋白互作分析
网络图的构建和美化。
学习费用
学习费元每位（学习费包含电子版教材、午餐，住宿费自理，保证学员完全掌握。）
优惠政策：
1.提前支付转账的可提前拿到学习资料
2.三人组团报名，每人收费元
3.四人组团报名，每人收费元
4.五人组团报名缴费，额外带一人免费注册！
5.参加过医药加TCGA/GEO数据挖掘的学员只要再支付元
可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。
注意事项：携带windows系统的电脑，苹果电脑请务必提前做好双系统。现场不得录音录像。
付款方式：
A单位转账：上海遐锦生物科技有限公司
账号：
开户行：中国建设银行股份有限公司上海马陆支行
支付方式：
B支付宝账户
yonghong
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